장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상인 등기된 부동산을 양도하는 경우 및 조합원입주권을 양도하는 경우에 적용받을 수 있습니다. 이 경우 조합원입주권은 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제48조에 따른 관리처분계획인가전 주택분의 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용합니다.

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장기보유특별공제액은 자산의 보유기간에 따라 양도차익의 10%~30%(1세대 1주택인 경우 24%~80%)를 공제합니다.

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다만, 2010년 이후 양도분부터 비거주자는 소득세법 제121조제2항에 따라 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율(24%~80%)을 적용하지 않고 10~30%공제율만을 적용합니다. 그러나 비거주자가 3년이상 보유한 주택에 거주한 상태로 거주자로 전환되어 1세대 1주택을 양도하는 경우에는 특례 공제율(24%~80%)을 적용받을 수 있습니다. 이 경우 보유기간은 취득일부터 양도일까지로 합니다. (비거주자일 때 보유한 기간도 포함함)

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